天文19年（1550）江戸馬喰町に開創。
明暦3年（1657）に明暦の大火の後、浅草新寺町に替地を拝領して移転。
寛保3年（1743）に呉服商「大丸」の店主の帰依を受け大丸寺とよばれた。
大正12年（1923）池上の妙玄庵と合併して、現在地に移り堂宇を建立。
妙玄庵は本門寺24世日等聖人が隠棲した庵室で、享保12.年（1727）大坊坂のそばに創建され、
妙玄坊、要玄坊ともよばれた。